Корректировка платы за НВОС производится плательщиками путём вычитания из суммы платы фактических затрат на мероприятия по снижению НВОС. Такие мероприятия осуществляются в рамках согласованных с государством специальных планов снижения выбросов/сбросов вредных загрязняющих веществ, а также программ повышения экологической эффективности.
То есть владельцы источников повышенной опасности самостоятельно осуществляют расчёт платы за НВОС в конкретный отчётный период, уменьшают её размер на сумму затрат на экологические мероприятия, оплачивают итоговую сумму и представляют полученные данные в составе декларации о плате за НВОС в уполномоченный территориальный орган Росприроднадзора (администратору платы).

Надзорный орган проверяет представленную компанией декларацию вместе с подтверждающими документами и приходит к выводу об обоснованности или необоснованности корректировки платы за НВОС.

Льготой за фактические затраты на мероприятия по снижению НВОС можно воспользоваться и в том случае, если предприятие в отчётном периоде не учло эти затраты и внесло плату за НВОС в большем размере, чем требовалось. В силу закона это считается переплатой, сумму которой предприятие вправе попросить вернуть как излишне уплаченную, или же обратиться с заявлением о зачёте суммы переплаты в счёт будущих платежей за НВОС, но только в течение срока выполнения природоохранных планов или программ.

Таким образом, главным условием получения льгот является осуществление документально подтверждённых затрат именно в рамках согласованных с уполномоченным органом природоохранных планов и программ и только в течение предусмотренного в них срока выполнения экологических мероприятий.

Вместе с тем практика показывает, что интересы даже добросовестно следующих букве закона компаний, являющихся плательщиками и претендующих на уменьшение размера платы за НВОС, соблюдаются не всегда.

В ряде случаев надзорные органы приходят к ошибочному выводу о необоснованном уменьшении размера платы за НВОС, тем самым полагая, что компания недоплатила за нанесённый вред природе. Результатом таких выводов становится письменное требование Росприроднадзора в адрес юридического лица о внесении платы за НВОС. Что, в свою очередь, порождает необходимость защиты прав организации в судебных спорах о взыскании с предприятия соответствующей платы или путём оспаривания в суде требований природоохранных органов.
Так, акционерное общество «Новотроицкий завод хромовых соединений» выиграло в деле против Управления Росприроднадзора по Оренбургской области, доказав незаконность решения надзорного органа в виде требования о внесении платы за НВОС. Суды признали, что общество, осуществляя свою деятельность, с целью снижения негативного воздействия отходов производства на здоровье человека и окружающую среду провело на основании согласованной с управлением программы природоохранные мероприятия, которые привели к экологическому эффекту в виде снижения НВОС, в связи с чем требование надзорного органа о внесении платы в части размещения отходов является необоснованным. (Определение Верховного Суда РФ от 11.04.2019 г. по делу № А47-2960/2018).

Северо-Западное межрегиональное управление Росприроднадзора попыталось в судебном порядке взыскать с ОАО «Сясьский целлюлозно-бумажный комбинат» плату за НВОС по результатам проверки декларации. Суды двух инстанций признали необоснованными требования надзорного органа, указав, что в ходе выполнения плана снижения сбросов реальные затраты ответчика в 2016 году на реализацию природоохранных мероприятий составили сумму, превышающую размер заявленных исковых требований. Данный факт нашёл подтверждение в проведённой по делу судебной экспертизе. (Постановление Тринадцатого арбитражного апелляционного суда от 25.02.2020 г. по делу № А56-94471/2017).

Недействительным было признано требование Управления Росприроднадзора по Чувашской Республике к ГУП ЧР «Биологические очистные сооружения» о внесении платы за НВОС ввиду недостижения экологического эффекта от осуществлённых мероприятий. Кассационный суд отметил, что согласованным Планом снижения сбросов было предусмотрено экологическое мероприятие – инвестиционный проект по строительству биологических очистных сооружений. Снижения сбросов загрязняющих веществ до нормативных значений возможно было достичь только после принятия в эксплуатацию в 2018 году очистных сооружений. Природоохранный эффект может быть получен только в 2020 году. Поскольку же фактические затраты на реализацию проекта были осуществлены в 2015-2016 годах, соответственно, предприятие законно включило эти расходы в расчёт платы за НВОС за отчётный период 2015-2016 гг., тем самым обоснованно произведя уменьшение платы. (Постановление Арбитражного суда Волго-Вятского округа от 25.09.2018 г. по делу № А79-15744/2017).

Актуальным для бизнеса остаётся и вопрос беспрепятственной реализации права на возврат излишне уплаченных сумм платы за НВОС. Причинами неполучения предприятиями льгот служат:
·необоснованный отказ надзорного органа в возврате излишне уплаченных сумм платы за НВОС;
·воспрепятствование возврату переплаты путём её зачёта в счёт будущих платежей;
·уклонение от принятия решения по заявлению плательщика о возврате излишне уплаченных сумм.
Защитить права компании в данном случае возможно, обратившись в суд с иском о взыскании излишне внесённой платы за НВОС.

ООО «Газпром трансгаз Москва» добилось в судебном порядке взыскания переплаты с МУ Росприроднадзора по Москве и Калужской области. Суд пришёл к выводу, что «с учётом уменьшения воздействия на окружающую среду… авансовые платежи за 2016-2017 годы превысили общую сумму платежей за 2016-2017 годы, в результате чего возникла переплата». Суд обратил внимание на то обстоятельство, что актами сверок расчётов наличие переплаты было подтверждено, однако в меньшем размере. При этом ответчиком не были учтены некоторые платёжные поручения, в результате часть оплаченных сумм была необоснованно признана ответчиком не поступившей. (Решение Арбитражного суда г. Москвы от 06.03.2020 г. по делу № А40-161443/2019).

Сложности возникают также при использовании компаниями механизма зачёта излишне уплаченных сумм платы за НВОС в счёт будущих платежей.

Департаменту Росприроднадзора по УрФО было частично отказано в иске к акционерному обществу «Русский хром 1915» о взыскании задолженности по плате за НВОС за 2016 год. Суд кассационной инстанции установил, что согласованной сторонами программой природоохранных мероприятий срок её выполнения был установлен с 2009 по 2017 г. Общество в счёт платы за размещение отходов произвело зачёт затрат на реализацию мероприятий по снижению НВОС, понесённых в 2016 году, которые фактически повлекли снижение класса опасности отходов производства. Суд признал необоснованным вывод об отсутствии права на зачёт и взыскал с предприятия только разницу между суммой иска и суммой затрат на природоохранные мероприятия. (Постановление Арбитражного суда Уральского округа от 13.09.2018 г. по делу № А60-58135/2017).

ООО «Московская чайная фабрика» получило через суд право на возврат переплаты за НВОС за период, когда детализированного порядка возврата излишне уплаченных платежей за НВОС не существовало. Судебными актами было установлено, что разрешение данного вопроса в любом случае находилось в компетенции Департамента Росприроднадзора по ЦФО, который незаконно отказал сначала в зачёте, а после и в возврате переплаты. (Постановление Девятого арбитражного апелляционного суда от 15.05.2019 г. по делу № А40-241198/2018).

Законодательство в области охраны окружающей среды ежегодно изменяется. Дополнения затрагивают и регулирование платы за НВОС, в том числе вопросы уменьшения платы. Правила исчисления и взимания платы за негативное воздействие на окружающую среду, утверждённые Постановлением Правительства РФ от 03.03.2017 г. № 255, являются в настоящее время базовым нормативно-правовым актом в данной сфере.

Однако с середины 2019 года действует Порядок зачёта и возврата сумм излишне уплаченной (взысканной) платы за негативное воздействие на окружающую среду, утверждённый Приказом Минприроды России № 334 от 20.06.2019. Предполагается, что соблюдение нового Порядка участниками правоотношений позволит сократить количество споров данной категории.
Кроме того, с июля 2020 года вносятся призванные устранить конкуренцию нормативных актов дополнения в Положение об особенностях исчисления платы за НВОС при выбросах в атмосферный воздух загрязняющих веществ, образующихся при сжигании на факельных установках и (или) рассеивании попутного нефтяного газа. Согласно нововведениям, если пользователь недр в ходе реализации природоохранных мероприятий добивается снижения НВОС и использует в связи с этим для уменьшения платы упомянутые Правила исчисления и взимания платы за негативное воздействие на окружающую среду, то установленные вышеназванным Положением формулы для расчёта показателя покрытия затрат не применяются.